L'Autof ms1000 est un système d'identification microbien en spectrométrie de masse MALDI-TOF. Le but du MALDI est de projeter un laser sur le film de co-crystallisation formé par les échantillons (plaque ciblée) et la matrice. La matrice absorbe l'énergie du laser et le transmet à l'échantillon, chauffant et vaporisant une petite quantité de matrice et d'échantillon. Le processus d'ionisation correspond à l'émission ou la réception de protons par des molécules, les rendant chargées.
Le principe du TOF est d'accélérer les ions soumis à un champs électrique uniforme, ce qui veut dire que les différences d'accélération sont basées sur les différentes masses des ions (charges identiques pour tous les ions). Ces différences entre chaque ions sont extrapolées sur un graphe avec en abcisse un ratio de charge (m/z) et en ordonnées l'abondance relative ou l'intensité.